Daripada 29 Oktober 1945 hingga 7 Disember 1945, Suruhanjaya Tentera Amerika Syarikat membicarakan Jeneral Yamashita atas tuduhan jenayah perang berkaitan dengan Pembunuhan beramai-ramai Manila. Suruhanjaya tersebut mendapati Yamashita bersalah dan menjatuhkan hukuman gantung sampai mati ke atas Jeneral Yamashita. Ke sini menjadi duluan (precedent) berkenaan tanggungjawab pemerintah (command responsibility) dan prinsip ini dikenali dengan nama Standard Yamashita. Duluan ini disebut dalam perbicaraan ke atas Lt. William Calley atas tuduhan Pembunuhan Beramai-ramai di My Lai.

Kesahihan perbicaraan yang dibuat secara tergesa-gesa telah dipersoalkan oleh banyak pihak, kerana terdapat banyak bahan bukti yang menunjukkan kepada hakikat bahawa Yamashita tidak sedar akan kekejaman yang dilakukan oleh askar-askarnya, ataupun tidak berupaya mengawal sepenuhnya askar-askarnya disebabkan oleh gangguan komunikasi yang disebabkan oleh tindakan dan penyesakan oleh Tentera Amerika Syarikat semasa serangan mereka. Salah satu daripada kekejaman yang dituduhkan ke atas Yamashita terbukti dilakukan oleh sebuah unit yang telah ingkar perintah Yamashita untuk berundur.

Kekejaman lain juga cuba dipersalahkan dan dipertanggungjawabkan ke atas Yamashita. Pembunuhan kakitangan dan pesakit di Hospital Tentera Alexandra dipertanggungjawabkan ke atas Yamashita sedangkan pegawai yang bertanggungjawab untuk kekejaman ini telah dihukum bunuh oleh Yamashita sebaik sahaja pembunuhan ini disampaikan kepada pengetahuan Yamashita. Di Filipina pula, pembunuhan beramai-ramai di Manila yang dilakukan oleh unit-unit Tentera Laut Imperial Jepun yang terkepung juga dipertanggungjawabkan kepada Yamashita sedangkan ia tidak ada kuasa ke atas unit-unit Tentera Laut.

Sesetengah pihak merumuskan bahawa dendam Jeneral Douglas MacArthur kerana penjajahan dan pendudukan Jepun di Filipina mendorong beliau untuk mengadakan perbicaraan dan seterusnya hukuman mati Yamashita secara terburu-buru seperti mana dilakukannya ke atas perbicaraan Jeneral Masaharu Homma (Panglima yang mengalahkannya semasa penaklukan Jepun dui Filipina dalam tahun 1942 yang menyebabkan MacArthur terpaksa melarikan diri ke Australia)

Semasa perbicaraan, tindakan dan kesungguhan usaha serta dedikasi peguambela yang ditugaskan membela Yamashita cukup mengkagumkan Yamashita dan memulihkan semula rasa hormatnya kepada bekas musuhnya. Peguam Amerika Harry E. Clarke, Sr., yang berkhidmat sebagai Kolonel Tentera Darat dan berkhidmat sebagai Ketua Peguambela Yamashita membawa rayuan kes Yamashita ke Mahkamah Agung Amerika Syarikat yang mengesahkan dengan undi 7-2 keputusan Suruhanjaya Tentera tersebut. Selepas itu, Clarke membuat rayuan belas ihsan kepada Presiden Truman, yang enggan memberikan kelonggaran dan enggan meringankan hukuman ke atas Yamashita dan sebaliknya menyerahkan perkara hukuman Yamashita kepada pengurusan Tentera. Apabila sampai tempoh. Jeneral MacArthur mengesahkan hukuman yang dijatuhkan oleh Suruhanjaya Tentera dan pada 23 Februari 1946, Tomoyuki Yamashita menjalani hukuman gantung sampai mati di Penjara Los Banos.